Το ερειπωμένο, σήμερα, χωριό Αμβρακιά χτίστηκε τον 9ο αι. π.Χ. από τους κατοίκους της Λιμναίας που μετοίκησαν στην περιοχή για να αποφύγουν τις συχνές πειρατικές επιδρομές.
Η Αμβρακιά επί Τουρκοκρατίας ήταν η πρωτεύουσα του Καζά ή Βιλαέτι του Βάλτου. Το 1684, η Αμβρακιά καθώς και ο ναός της Παναγίας της Αμβρακιώτισσας καταστράφηκαν από τον πασά της Άρτας.
Η εκκλησία και το χωριό, ξαναχτίστηκαν μετά από 5 χρόνια, από τους κατοίκους που επέστρεψαν από τη Λιμναία.
Το 1692 ο Γιουσούφ πασάς, σε μια επιδρομή του στον Βάλτο, νικήθηκε στην Αμβρακιά από τον Αναστάσιο Μεταξά, ανώτερο επιθεωρητή Ξηρομέρου και Βάλτου, κι έτσι σώθηκε το χωριό.
Ο πρόκριτος Γιάννης Γεροθανάσης, ύψωσε το 1821 στην Αμβρακιά, τη σημαία της επανάστασης.
Η πρωτεύουσα του Καζά του Βάλτου εγκαταλείφθηκε οριστικά, μετά την πυρπόλησή της το 1826 από τους Τουρκαλβανούς, ως αντίποινα για την συμμετοχή των Αμβρακιωτών στις πολιορκίες του Μεσολογγίου.
Ο ναός, όμως, της Παναγίας διασώθηκε και δεσπόζει έως σήμερα μεταξύ των ερειπίων. Στον προαύλιο χώρο της εκκλησίας, σώζεται ως τις μέρες μας η πέτρα όπου στεκόταν ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός όταν τον Ιούλιο το 1118 κήρυξε τον Θείο λόγο.
Ο αείμνηστος πρόεδρος της Ιστορικής – Αρχαιολογικής Εταιρείας Αγρινίου, Θωμάς Μποκώρος, είχε αποκαλέσει την Αμβρακιά, τον Μυστρά της Ακαρνανίας.