Στις 3 Νοεμβρίου 1839 ο υπουργός του νεοσύστατου υπουργείου Εξωτερικών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας Μουσταφά Ρεσίτ Πασάς διάβασε στο πάρκο του παλατιού του Τοπκαπί ένα αυτοκρατορικό διάταγμα.
Το φιρμάνι αυτό υπήρξε η πρώτη πράξη μιας σειράς μεταρρυθμιστικών μέτρων που άνοιξε την περίοδο του Τανζιμάτ (Αναδιοργάνωση).
Η αρχή της ισότητας όλων των οθωμανών πολιτών, που περιείχε αυτό το διάταγμα, υπέσκαπτε τα θεμέλια του παραδοσιακού συστήματος των μιλετίων, στο οποίο βασιζόταν η οργάνωση της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Το διάταγμα άνοιγε το δρόμο στη θεωρία του «οθωμανικού έθνους» ή οθωμανισμού των Ενωτικών Νεοτούρκων του 1908.
Η θεωρητική βάση των Νεότουρκων βρίσκεται στο φιρμάνι αυτό και στις αλλαγές που πυροδότησε.
Το επαναστατικό κίνημα που κατέληξε στη στρατιωτική εξέγερση του 1908 είχε αρχίσει να οργανώνεται από το 1889, τόσο στο εσωτερικό της χώρας όσο και στο εξωτερικό. Ήταν η οργάνωση «Ένωση και Πρόοδος».
Το σύνολο του ελληνικού λαού, όχι μόνο στο εσωτερικό της αυτοκρατορίας αλλά και στο κράτος των Αθηνών, υποδέχθηκε τις «μεταρρυθμίσεις» του 1908 με ενθουσιασμό, γιατί πίστεψε στην «οθωμανική ισότητα» και την ισοπολιτεία για όλους ανεξάρτητα από γένος και θρησκεία, που επαγγελλόταν το κίνημα των Νεοτούρκων. Επιπλέον η επανάστασή τους έγινε αναίμακτα. Έμελλε όμως να διαψευστούν με τον πιο δραματικό τρόπο.
Ο θεωρητικός του τουρκικού εθνικισμού ήταν ο διανοούμενος Ζιγιά Γκιοκάλπ (1876-1924), του οποίου το εθνικιστικό ιδεολογικό σύστημα είχε ακραία χαρακτηριστικά που πέρασαν στην κυρίαρχη εθνικιστική τουρκική ιδεολογία και μετατράπηκαν σε κρατική πολιτική. Ο Γκιοκάλπ διατύπωσε μια πρωτόλεια εκδοχή της ναζιστικής κοσμοθεωρίας. Πρότεινε ανοικτά «την υπέρβαση της χαλαρής Οθωμανικής Αυτοκρατορίας με τη μετατροπή των ομάδων που ζούσαν σε αυτήν σε ένα συμπαγές ομοιόμορφο τουρκικό σώμα».
Έπρεπε, όμως, να αντιμετωπιστεί και το πρόβλημα της θρησκείας.
Το Ισλάμ από τη μια αποτελούσε μέρος της ψυχής των Τούρκων, από την άλλη όμως δημιουργούσε προσκόμματα στην πρόοδό τους.
Ο Κεμάλ θα εκμεταλλευτεί με ακραίο τρόπο τη μουσουλμανική πίστη των Οθωμανών για να πολεμήσει τους Έλληνες την περίοδο 1919-1922, θα την απορρίψει, όμως, καθώς οικοδομούσε το νέο εθνικό κράτος του.
Οι σοβινιστικές τάσεις των Νεοτούρκων φάνηκαν από πολύ νωρίς. Αρνήθηκαν ότι υπήρχε εθνικό ζήτημα στην Οθωμανική Αυτοκρατορία και επέλεξαν την πολιτική της βίαιης αφομοίωσης των εθνικών μειονοτήτων.
Είναι πλήρως αποδεδειγμένο σήμερα ότι διέπραξαν γενοκτονίες σε βάρος των Αρμενίων και των Ελλήνων του Πόντου.
Στα κείμενα των μη κεμαλιστών Τούρκων ιστορικών αποκαλύπτεται το οργανωμένο σχέδιο του νεοτουρκικού εθνικισμού ο οποίος γεννήθηκε στους κόλπους του οθωμανικού στρατεύματος, επηρεάστηκε βαθύτατα από τον γερμανικό μιλιταρισμό και προσπάθησε να δημιουργήσει μηχανισμούς ελέγχου της σύνθεσης των πληθυσμών που ζούσαν στην Οθωμανική Αυτοκρατορία την περίοδο 1913-1918.
Από τις έρευνες των ιστορικών αυτών αποδεικνύεται ότι οι Νεότουρκοι είχαν εμπνευστεί μια ιδεολογία περιθωριοποίησης και αποκλεισμού των στοχοποιημένων ομάδων του οθωμανικού πληθυσμού και είχαν εκπονήσει με λεπτομέρειες, από το 1911, ένα οργανωμένο σχέδιο με βάση το οποίο πραγματοποιήθηκε η Γενοκτονία των Ελλήνων και των Αρμενίων. Εκκαθαρίσεις που κατά περιοχές έλαβαν διαφορετική μορφή και ολοκληρώθηκαν με τη Μικρασιατική Καταστροφή.
Από το 1913 ξεκίνησαν ήδη οι μαζικές εκτοπίσεις από την περιοχή των Δαρδανελλίων. Από το 1914 ως το 1918 θα συνεχιστούν με ιδιαίτερη δριμύτητα στον δυτικό Πόντο (ο ανατολικός είχε καταληφθεί από τους Ρώσους μετά το 1916) για να συνεχιστούν σε δεύτερη φάση μετά το τέλος του πολέμου, ως το 1922.
Η Γενοκτονία των Ελλήνων του Πόντου είχε ένα ιδιαίτερο χαρακτηριστικό: τις εκτοπίσεις. Οι πληθυσμοί εκτοπίζονταν το χειμώνα, και από κει και πέρα το ρόλο του Άουσβιτς έπαιζε η φύση. Οι στάσεις στην εξορία αυτή δεν επιτρέπονταν σε κατοικημένα μέρη, παρά μόνο στην ύπαιθρο, για να είναι οι εξόριστοι εκτεθειμένοι στις άσχημες καιρικές συνθήκες. Στις χιονισμένες βουνοπλαγιές και τα παγωμένα οροπέδια της Ανατολής όπου αναγκάζονταν να περπατούν επί εβδομάδες οι εκτοπισμένοι, με προορισμό το θάνατο, έχασαν τη ζωή τους πολλές δεκάδες χιλιάδες άνθρωποι. Είναι η διαδικασία που ονόμασε ο μεγάλος ιστορικός Πολυχρόνης Ενεπεκίδης ως «Άουσβιτς εν ροή».
Μια χαρακτηριστική περίπτωση είναι ότι έβαζαν άνδρες και γυναίκες να λουστούν σε θερμοκρασία 40 βαθμών, και μετά το λούσιμο και αφού είχαν λεηλατηθεί τα ρούχα τους, τους άφηναν εκτεθειμένους σε θερμοκρασίες κάτω του μηδενός. Επιδημίες, κακουχίες και στερήσεις αποτελείωναν όσους μπορούσαν να επιβιώσουν προσωρινά. Άτακτες τουρκικές ορδές επιτίθενταν στα απομονωμένα ελληνικά χωριά κλέβοντας, φονεύοντας, βιάζοντας.
Η κατάσταση χειροτέρεψε μετά το 1916 και την είσοδο της Ελλάδας στον Πόλεμο στο πλευρό της Αντάντ. Σύμφωνα με τη Μαύρη Βίβλο της Πατριαρχικής Κεντρικής Επιτροπής, από όλη την έκταση της Μικράς Ασίας εκτοπίστηκαν 742.135 άτομα.
Ένας άλλος τρόπος εξολόθρευσης των Ελλήνων ήταν η επιστράτευση του ανδρικού πληθυσμού όχι σε κανονικές στρατιωτικές μονάδες, αλλά στα περιβόητα τάγματα εργασίας, τουρκιστί «αμελέ ταμπουρού». Οι Τούρκοι άρχισαν με την επιστράτευση όλων των ανδρών 15-45 ετών και την αποστολή τους στα τάγματα εργασίας. Στην καλύτερη περίπτωση οι επιστρατευμένοι κατασκεύαζαν δρόμους και σιδηροδρομικές γραμμές ή έσπαζαν νταμάρια. Οι επιστρατευμένοι ήταν αναγκασμένοι να εργάζονται από την ανατολή μέχρι τη δύση του ηλίου, κάτω από πολύ σκληρές εργασιακές και καιρικές συνθήκες, με απαράδεκτο και φτωχό σε θερμίδες και θρεπτική αξία σιτηρέσιο, με νερό που μετέφεραν από τους λάκκους, ενώ ήταν αναγκασμένοι να στρατωνίζονται κάτω από άθλιες συνθήκες. Και όλα αυτά σε περιοχές όπου ο χειμώνας είναι ιδιαίτερα σκληρός, με το θερμόμετρο να πέφτει συχνά κάτω κι από τους μείον σαράντα βαθμούς. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την εξασθένηση των επιστρατευμένων, οι οποίοι έπεφταν θύματα λοιμωδών ασθενειών που τους θέριζαν στην κυριολεξία. Το εξοντωτικό έργο ολοκληρωνόταν το χειμώνα, με το ψύχος να αποτελειώνει ό,τι είχαν αφήσει πίσω τους οι λοιμώδεις ασθένειες.
Στον ανατολικό Πόντο η προέλαση και η παρουσία του ρωσικού στρατού διαμόρφωσε διαφορετικές συνθήκες από τον δυτικό.
Λίγες ημέρες πριν από την είσοδο των Ρώσων στην Τραπεζούντα, το 1916, ο βαλής της πόλης παρέδωσε την εξουσία στον μητροπολίτη Χρύσανθο και σε τριμελή επιτροπή Ελλήνων με τη φράση «Από τους Έλληνες πήραμε την Τραπεζούντα, στους Έλληνες την παραδίδουμε». Οι Ρώσοι αποδέχτηκαν την ελληνική διοίκηση η οποία έγινε γνωστή ως Προσωρινή Κυβέρνηση Τραπεζούντας. Η πολιτική που ακολούθησε η Προσωρινή Κυβέρνηση και ειδικά ο μητροπολίτης Χρύσανθος προς τους μουσουλμάνους ήταν εξαιρετικά μετριοπαθής. Η πολιτική αυτή συνετέλεσε στην αποτροπή της ρήξης Ελλήνων και μουσουλμάνων.
Στη Συνδιάσκεψη Ειρήνης του Παρισιού, το 1919, υπεβλήθη υπόμνημα για τη δημιουργία Ελληνικής Δημοκρατίας του Πόντου, υπόθεση η οποία δεν τελεσφόρησε.
Στις 19 Μαΐου 1919 ο στρατιωτικός Κεμάλ έφτασε στη Σαμψούντα με φανερή αποστολή να επιβάλει στην περιοχή τη νομιμότητα, η οποία είχε διαταραχτεί από τη μια πλευρά λόγω της δράσης των Τούρκων ατάκτων, των γνωστών τσετών, και από την άλλη από τις ομάδες των Ελλήνων ανταρτών, που είχαν βγει στα βουνά για να γλυτώσουν από τον βέβαιο θάνατο των αμελέ ταμπουρού και των εκτοπισμών, αναλαμβάνοντας στη συνέχεια ρόλο προστάτη των ελληνικών κοινοτήτων, που ήταν θύματα των τσετών και του Τοπάλ Οσμάν. Όμως αντί αυτής της αποστολής, ο Μουσταφά Κεμάλ, από την πρώτη μέρα που πάτησε το πόδι του στη γη του Πόντου, έβαλε σε εφαρμογή το μυστικό του σχέδιο, που ήταν η κατάληψη της εξουσίας και η ολοκληρωτική εξολόθρευση του ελληνικού πληθυσμού του Πόντου, όπου, εκτός των άλλων, δρούσαν και δεκάδες χιλιάδες αντάρτες. Επί της ουσίας, το σχέδιο της Γενοκτονίας των Ελλήνων του Πόντου και της Ανατολής το «εμπνεύστηκαν» και το έθεσαν σε εφαρμογή οι Νεότουρκοι, όμως ειδικά στην περιοχή του Πόντου το έθεσε σε εφαρμογή ο Μουσταφά Κεμάλ, ο οποίος ενέτεινε τα μέτρα και εφάρμοσε με μεγαλύτερη σκληρότητα τις μεθόδους εξολόθρευσης των Ελλήνων, ήτοι τους αναγκαστικούς εκτοπισμούς και τα αμελέ ταμπουρού, ενώ έδωσε πολιτική νομιμοποίηση, χρήμα και όπλα στον αρχηγό συμμορίας εκατοντάδων τσετών Τοπάλ Οσμάν, με εντολή να «τελειώνει» με τα ελληνικά χωριά του Πόντου. Μάλιστα, για να στερήσει από τους Έλληνες του Πόντου την πνευματική, θρησκευτική και οικονομική τους ηγεσία, ίδρυσε τα περιβόητα Δικαστήρια Ανεξαρτησίας (İstiklâl Mahkemeleri), στα οποία δικάστηκαν με συνοπτικές διαδικασίες και καταδικάστηκαν στον δι’ αγχόνης θάνατο εκατοντάδες κληρικοί, διανοούμενοι και επιχειρηματίες, που αποτελούσαν την κεφαλή και την αφρόκρεμα του ποντιακού Ελληνισμού.
Η πολιτική αλλαγή στη Ρωσία, με την επικράτηση των μπολσεβίκων και τη θετική αντιμετώπιση του κινήματος του Κεμάλ από την ηγεσία τους, ανήγαγε τον Μουσταφά Κεμάλ σε σημαντικό παράγοντα, τον οποίο πλέον προσπαθούσαν να προσεγγίσουν και να προσεταιριστούν και οι άλλοι γεωπολιτικοί παράγοντες της εποχής, Άγγλοι, Γάλλοι, Ιταλοί και άλλοι. Αυτή την ούτως ή άλλως δύσκολη και περίπλοκη νέα γεωπολιτική κατάσταση δεν μπόρεσε να διαχειριστεί η ελληνική πολιτική ηγεσία, τα λάθη της οποίας οδήγησαν στην κατάρρευση του Μικρασιατικού Μετώπου, στον Ξεριζωμό και τη Μικρασιατική Καταστροφή.
Ο απολογισμός της ποντιακής Γενοκτονίας ήταν τραγικός: σύμφωνα με επίσημα στοιχεία που καταγράφθηκαν εκείνη την εποχή, 303.238 ήταν τα θύματα έως το 1922, ενώ τον Μάρτιο του 1924 (οπότε άρχισε η ανταλλαγή των πληθυσμών) ανέρχονταν σε 353.000.
